跑步后膝盖下部疼，可以有以下几种原因：
第一，髌韧带炎，膝盖的下方是髌韧带，如果长期地进行大量的跑步，可以导致髌韧带慢性的劳损，而出现膝盖下方的疼痛；这时在髌骨的下方髌韧带的止点处可以触摸到明显的痛点，在核磁共振上可以看到髌韧带有损伤的异常信号。
第二，胫骨结节软骨炎，在青少年时出现，是由于青少年的胫骨结节没有发育完全；在一次大量的跑步之后可以导致胫骨结节急性的损伤，而出现跑步之后膝盖下方胫骨结节处的疼痛；这时拍摄膝关节的X线片，可以看到胫骨结节处有明显的受损的影像学表现。
所以，跑步之后膝盖下方的疼痛要根据年龄以及疼痛的部位，来进行相关的检查和诊断，早期地休息以及早期地进行对症的治疗。