肝内胆管结石和肝内钙化灶的主要区别在于肝内胆管结石会伴随着远端胆管的扩张而增大，而肝内钙化灶却没有这种现象产生。
还有一个区别在于肝内钙化灶多数不伴有临床症状，因此患者无法察觉，也不会影响日常生活，一般需要通过CT或核磁共振检查鉴别，不需要治疗。而肝内胆管结石通常伴有肝脏疼痛等临床症状，比较容易发现。患者的日常生活也会受到较大影响，需要通过肝脏规则性切除手术治疗。
肝内钙化灶和肝内胆管结石属于两种不同类型的肝脏疾病，肝内钙化灶主要是指肝脏细胞内的钙化表现，而肝内胆管结石是指肝脏内胆管形成了结石。