部分结石较小的患者，通过大量的饮水和改变体位，结石可自然排出体外，没有引起症状的结石也可以不处理。
但是对于绝大部分肝内胆管结石的患者，如果结石直径大于1cm或者肝内有多发结石，是很难通过自然情况排出体外的。
临床上对于小于1cm的结石，可服用熊去氧胆酸、消石散，配合解痉止痛等药物，促进排石。但是由于结石保守治疗排除率低，且结石如果梗阻会造成病情的加重甚至恶化，因此临床上对于大部分的胆结石的患者，都建议手术治疗。