胆囊结石与多种因素有关。目前认为其基本因素是胆汁的成分和理化性质发生了改变，导致胆汁中的胆固醇成过饱和状态，易沉淀析出和结晶而形成结石。
任何影响胆固醇与胆汁酸浓度比例改变，和造成胆汁淤滞的因素都能导致结石形成，最常见的是感染。
另外，个别地区和种族的居民、女性激素、肥胖、妊娠、高脂肪饮食、长期肠外营养、糖尿病、高脂血症、胃切除或胃肠吻合手术后、回肠末段疾病和回肠切除术后、肝硬化、溶血性贫血等因素，都可引起胆囊结石。