早上睡醒腰疼多数是由于腰背肌的肌膜炎和腰肌劳损而导致，这两种疾病可以是由于长期的久坐、劳累而导致腰背肌筋膜慢性的无菌性炎症。常有晨起时腰疼，而在活动一会儿之后疼痛就能有所缓解。
第二个原因，是在睡觉时，腰部受风着凉，也可以导致睡醒觉后腰疼。这时要注意保暖以及物理治疗，脱离寒冷的环境，进行积极的对症治疗，注意保暖。
第三个原因，是类风湿性的脊柱炎或者是强直性脊柱炎。可以导致晨起时腰疼，可以伴有晨起时腰骶部以及脊柱僵硬的症状。这时要检查腰骶部的X线片以及脊柱的X线片、抽血的化验来进行诊断和早期治疗。