肝内多发性胆结石的患者，首先需要明确一下病情程度，根据实际情况选择对症治疗，理论上，对于无症状的肝内胆管结石的患者，可以不吃药或不进行手术，但是要定期的复查来监测病情变化。
如果造成了比较轻的临床症状，可以根据实际情况进行对症处理，比如，腹痛时给予解痉止痛的药物，如山莨菪碱片，食欲不振、消化不良时给予抑酸护胃、促进胃肠蠕动等药物，如奥美拉唑肠溶胶囊、多潘立酮等。
此外，对于胆固醇类结石，还可以口服一些溶石和排石的药物进行治疗，常见的药物有熊去氧胆酸、鸡内金等。