亚急性硬化性全脑炎是变异的麻疹病毒感染所导致。
变异的麻疹病毒通过感染了内皮细胞或者白细胞，进入了中枢神经系统的神经细胞。因为大脑的灰质和白质都受到病变的累及，所以称之为全脑炎。本病好发于儿童和青少年，从感染麻疹病毒到亚急性硬化性全脑炎的发作，平均的潜伏期大约6年，并不是每一个感染麻疹病毒的患者都会发生这种疾病，这要看患者自身的免疫力。
但是这个病一旦发生了，就没有特效的治疗方法，预后比较差，一般在起病后1~2年内死亡。