肝内胆管结石属于良性的病变，绝大多数情况下是不会引起生命危险的。
一部分肝内胆管结石的患者没有明显的临床症状和脏器损害，只需要定期的复查就够了，甚至都不需要治疗。
对于一些症状较轻的患者，可以根据实际病情选择一些药物进行对症处理，比如解痉止痛、舒肝利胆、消炎等药物。如果肝内胆管结石数量较多，也有可能造成急性胆管梗阻，产生黄疸和肝损害，对人体的影响比较大。少数患者会诱发急性梗阻性化脓性胆管炎，严重的会危及生命。部分患者没有及时治疗，胆结石长期刺激会有癌变的风险。