肛瘘会出现化脓。由于直肠内的粪水以及感染物质会持续不断的经肛瘘内口进入瘘管，会导致瘘管出现反复感染，并且积存脓液，就会导致肛瘘出现局部肿痛症状。
当瘘管内脓液压力达到一定程度时，外口就会出现破溃，脓液流出后疼痛症状就会出现缓解。
有些肛瘘外口会暂时性的闭合，而当瘘管内出现感染时，就会出现类似于肛周脓肿的症状，也有可能会从其他地方破溃流脓，而导致新的外口产生，这样就会将单纯性的肛瘘变成复杂性的肛瘘，而增加后期治疗的难度。