肛瘘不及时治疗是会有恶化可能性的，在临床上也时有发生。
肛瘘之所以发生恶化，是由于肛瘘的外口组织反复地发生溃破、增殖。在治疗不及时的情况下，可能会导致肛瘘外口的恶化，然后逐渐使整个创面发生恶化的情况，所以肛瘘患者还是要建议早做手术的治疗。
肛瘘本身就属于感染化脓性质的疾病，通过药物治疗，效果往往并不理想。主要就是通过手术切除原发的感染内口，切除肛瘘的管道部分以及肛瘘的外口，避免发生恶化的情况，而且也可以将肛瘘进行彻底的治愈。
对于一些高位的肛瘘，还可以采用挂线的手术方式。