肛瘘会反复化脓，这也是肛瘘的典型症状之一。肛瘘多时有多继发于肛周脓肿之后，也可由于肛门外伤引起，可以引起肛门反复肿痛、破溃、流脓。
肛瘘是由内溃口、外溃口，以及皮下瘘管三部分组成的，当肛瘘的内溃口被细菌感染后，会引起化脓等病理改变，脓液顺着瘘管可从外溃口溢出，临床常表现为肛门肿痛、流脓。
当脓液溢出外溃口后，瘘管内压力降低，炎症会慢慢消退，以上症状会反复的发作；肛瘘不会自愈，一旦确诊后应及时手术治疗，术中应将内口、外口，以及瘘管完整切除，否则容易复发。