肛瘘反复破溃流脓需要尽快手术治疗，术后再给予抗生素抗感染治疗。
肛瘘大多数继发于肛周脓肿，肛周脓肿属于急性期，肛瘘是慢性期。肛瘘出现反复的破溃流脓，需要完善肛周磁共振检查，确诊肛瘘的位置，然后尽快手术治疗，否则低位的肛瘘可能会继续蔓延，形成高位复杂性的肛瘘。严重时有可能会导致感染扩散，引发全身性的中毒。
低位的肛瘘可以采取肛瘘切除术，如果是高位的肛瘘需要进行肛瘘挂线术，术后打消炎针，伤口每天消毒换药，促进伤口愈合才可以治愈肛瘘。