胰腺结石的患者需要根据胰腺结石的大小、位置、患者的身体状况、病情程度等来选择手术方式，常规的手术方式包括传统的开刀手术，腹腔镜微创手术和ERCP介导的内镜取石等。目前后两者的手术在广义范围内都属于微创手术。
腹腔镜微创手术是指在腹部做3-4个1cm左右的切口，通过腹腔镜进入腹腔，用微创器械进行操作的过程。它具有创伤小，视野清晰，恢复快等优点，也能在很大程度上避免胰腺及其周围脏器的非计划性损伤。
内镜取石具有不开刀，操作方便，患者术后恢复快，几乎不造成胃肠道和胆道系统的损伤。但是适应症较窄，一般只用于小的胰腺结石，且有将胃肠道的细菌带入胆道或胰管内造成感染的风险。