肝内胆管结石的术后恢复时间，与患者术前的病情、手术方案的选择，以及个体差异具有明显的关系。由于结石的大小、数量、位置和并发症等不同，采取的手术方式会有差异，这对恢复时间具有较大的影响。
目前手术方式包括传统的开刀和腹腔镜微创手术，目前微创手术在胆结石的治疗中应用较为普及。对于肝内胆管结石的手术治疗，如果术后没有明显并发症，常见的有腹腔镜下胆管切开取石术，一般7~10天就可出院，三个月左右可以完全恢复。
此外肝内胆管结石也可能需要进行肝部分切除或肝移植，如果患者的年龄较大，术后出现并发症，恢复的时间就会变长。