腱鞘囊肿是否能够自愈，与腱鞘囊肿的严重程度有关。如果腱鞘囊肿较小，没有引起任何明显的症状，可能会逐渐的自愈。
如果囊肿体积较大，引起了疼痛等明显的不适症状，一般不能自愈。需要进行注射器穿刺抽取治疗，通过注射器将囊腔内的液体抽取出来，然后向内注入糖皮质激素类的药物，再进行加压包扎。
对于特别严重的腱鞘囊肿或者是针刺抽取方法没有太好的效果时，可以考虑进行手术治疗。在术后能够明显降低腱鞘囊肿的复发几率，一般没有不良影响。