胆管结石可分为肝内胆管结石和肝外胆管结石，常见的检查方法，包括常规的查体、血液检验以及相关的影像学检查，如彩超、CT、磁共振等。肝内胆管结石的诊断对于单纯胆管结石未合并感染或其他合并症者，特别是"静止期"内易误诊为肝炎、胃病等，应注意鉴别。
影像学检查有助于诊断及鉴别诊断，B超、PTC检查可显示肝内胆管结石的分布和肝胆管的狭窄和扩张情况，对确定诊断和指导治疗有重要意义。
除此之外，ERCP经内镜逆行性胆胰管造影检查，可清晰显示胆管系统的全貌，能比较准确提供肝内外胆管和胆囊结石的大小、数量、位置以及肝内外胆管扩张、狭窄等病理改变状况，同时可以直视下观察胆总管、胰腺在肠道开口处的情况，是目前胆总管结石诊断的“金标准”。