肛瘘严重会造成流脓。但其实流脓并非判断肛瘘严重程度的指征。
肛瘘的主要症状就是肛周反复的流脓以及肿痛，所以临床上绝大多数肛瘘都会有反复流脓的症状。无论是低位肛瘘，还是高位肛瘘，出现流脓是由于肛瘘瘘管内出现了感染，在瘘管出现感染以后，瘘管内就会积存脓液，而脓液会经外口或者内口流出，而引发流脓症状。
虽然肛瘘出现流脓症状时，可以通过使用药物控制症状，但后期还会反复发作，无法自愈，最终需要手术治疗。