肛瘘会流脓。外口流脓是肛瘘的主要症状，流脓的多少和瘘管形成的时间、长短、内口大小有关。
刚形成的肛瘘流脓多，脓液黏稠，颜色黄，逐渐地流脓会减少，脓液稀薄，时有时无。有时炎症消退，外口会闭合，不再流脓。再次出现感染时，外口处会出现肿痛，皮温高，局部会形成脓肿、脓液较多时，外口会破溃，又排出脓液，反复发作，经久不愈。
只有通过手术切除内口，切开瘘管引流出脓液，使创面从底部逐渐愈合，才能彻底治愈肛瘘。