肛瘘从肛门流脓，是从内口流出来的，不算严重。
常见于外口闭合，瘘管由于炎症感染产生的脓液，会从内口流出，肛瘘的产生主要是肛管内肛窦感染形成内口，感染沿肛周皮下组织蔓延，形成瘘管，在肛周皮肤形成破溃口为外口。
内口、瘘管、外口共同组成肛瘘，外口处会不断的有脓液流出，新形成的肛瘘流脓多、脓液粘稠、有臭味，慢性期脓液会减少，时有时无，有时外口闭合，由于积脓不能从外口流出，会从内口流出，从肛门溢出。