肝内胆管结石的治疗方法可分为保守治疗和手术治疗，具体的治疗方案需根据患者的病情程度而选择。
一般来说，无症状的或症状较轻的肝内胆管结石的患者，可选择保守治疗方案，如卧床休息，给予抑酸护胃、解痉止痛、消炎利胆等药物。
如果保守治疗无效或患者的病情较重，如肝内胆管结石造成梗阻，引起肝区的胀痛，损伤肝脏的功能，引发黄疸，导致出现食欲不振、恶心呕吐、消化不良、皮肤颜色加深、皮肤瘙痒、查体可见肝掌蜘蛛痣的患者，临床上可采用手术治疗。
治疗方法包括单纯的切开取食并放置t型引流管，如果肝内胆管结石集中于肝的某一叶时且难以取尽时，可行肝叶的部分切除术。