胰腺结石的患者通常以腹痛为其最常见的早期症状以及临床表现，由于结石的部位以及患者的个人差异，疼痛轻重不等，通常可表现为上腹部的胀痛，由于胰腺为腹膜后器官，故疼痛发作时可牵涉至腰部以及后背部。
若为酒精性胰石症，常表现为剧烈疼痛，并反复发作持续时间较长。病因不明者，剧痛较少，多为上腹隐痛、钝痛。由于鱼脂肪蛋白质和糖类的消化密切相关。
当结石导致胰管受阻时，可出现相应的消化道症状，如腹胀、恶心、呕吐、食欲不振以及脂肪泻等。
部分胰头部结石的患者可出现胰头部的肿胀，压迫胆总管末端，造成胆总管梗阻，临床上约有1/4的患者可以出现黄疸。