肝外胆管结石的症状主要是以腹痛为主，临床上胆管结石常与炎症伴行，因此大部分患者可表现出发热、畏寒、头晕、四肢酸软等症状。胆管结石的患者由于胆汁的排出受阻，可出现相应的消化道症状，比如腹胀、恶心、呕吐、食欲不振等。
由于胆管结石梗阻，部分胆管结石的患者可出现黄疸症状，表现为皮肤的颜色变黄，伴全身皮肤瘙痒。胆管长期受阻的患者，可影响甚至损害肝脏的功能，可表现为乏力、纳差、营养不良、肝区胀痛、肝掌蜘蛛痣等。
如果梗阻的患者病情进一步加重，造成急性梗阻性化脓性的胆管炎，那除了有腹痛、发热、黄疸等症状外，可出现休克以及神经系统的症状，如神志淡漠、谵妄、昏迷等，