肛瘘手术要根据肛瘘的类型和肛瘘的位置高低来选择手术方法。
如果是低位单纯性的肛瘘，手术较为简单，需把外口打开，瘘管剔除，探针从瘘管外口进入，从内口穿出结扎瘘管，治疗效果较好，而且彻底，对肛门括约肌的影响也不大。
如果是较为复杂的高位肛瘘，手术较为复杂，需要做多次手术，对于复杂性的肛瘘，常用的治疗方式是挂线手术，术前要做瘘管造影，确诊瘘管的位置和走向，然后在探针的指引下，逐渐深入内口进行手术，手术后要注意多休息，保持肛周的清洁，避免感染。