肛瘘做微创手术也能够治愈，肛瘘的微创手术包括肛瘘镜治疗、生物制剂堵塞漏管等。但这些治疗方式的复发率相对偏高，而且治疗费用相对偏贵，所以，在临床上并不是首选的治疗方法。
目前在临床上对于肛瘘的治疗，仍然以开放手术治疗为主。对于低位肛瘘一般采取瘘管切开术，或者瘘管切除术，而对于高位肛瘘可以采取LIFT手术，或者高位肛瘘挂线术。
肛瘘采取开放手术治疗的复发率相对偏低，疗效比较确切。只要在手术时不要遗漏内口，或者瘘管的处理，大多患者术后并不会出现复发。