肛瘘是否进行微创手术，需要根据患者的具体病情而决定。
一般低位的单纯肛瘘可以选择微创术式治疗。这种微创无痛的治疗是采用肛瘘镜进入到肛门里面，通过监视器直接对肛瘘内口进行微创的电凝，使肛瘘的内口干结闭合，然后冲洗干净肛瘘的瘘管，进而阻断肛瘘感染的源头，达到治疗肛瘘的目的。这种微创手术方式特点就是损伤小，痛苦轻，术中出血少，避免后遗症和并发症的发生。
而高位肛瘘、复杂性肛瘘和直肠粘膜下瘘，因为瘘管走行复杂，甚至穿透肛提肌，这时可能不能采取微创手术治疗，建议行瘘管切除内口挂线手术。