做肛瘘手术住院多久，要根据肛瘘的轻重程度确定。
一般简单低位肛瘘住院时间短，住院1周左右；高位复杂性肛瘘住院时间长，住院3-4周左右；有的需要分期手术，住院时间会更长。
简单低位肛瘘，瘘管浅，一般不经过括约肌，或经过少部分括约肌，切开瘘管对排便功能无影响，切开后创面逐渐愈合；高位复杂性肛瘘瘘管深，瘘管经过括约肌深层，切开会出现大便失禁。一般采取挂线方法，挂线后脱落时间一般2周左右，创面深，范围大，愈合时间长，住院的时间也会延长。