肛瘘手术后的住院时间要根据肛瘘的严重程度决定。
肛瘘常继发于肛周脓肿之后，是一种慢性炎症性疾病，常可以引起肛门反复的肿痛、破溃、流液等症状，一旦确诊后应及时手术治疗，任何的保守治疗措施均无效。手术时要将内溃口、外溃口以及皮下瘘管探查清楚，然后全部切除，才能达到根治的目的，否则容易复发。
如果肛瘘的瘘管比较表浅，术后大约7-9天就可以出院，如果瘘管非常深，且为多条瘘管，术后需要引流通畅并及时清洗，清除创腔内的异物和脓性分泌物，大约需要近20天左右才能出院，切口完全愈合大约需要40天以上。