肛瘘手术后住院时间和肛瘘的类型以及手术方式有很大的关系，住院时间差异比较大，一般在一周到二周左右。
例如低位单纯性肛瘘，这种类型肛瘘手术最简单，术后创伤也是最小的，所以术后恢复最快，一般术后一周左右就能出院。低位复杂性肛瘘手术创面相对偏大，但也在术后十天左右出院。
而高位单纯性肛瘘，由于瘘管位置偏高，不能一次性切开瘘管，手术时需要行挂线术，而挂线脱落时间一般七天左右，所以其住院时间需要两周左右。如果为高位复杂性肛瘘，手术创伤更大，住院时间就有可能超过两周，甚至更久。