胰腺囊肿包括真性囊肿、假性囊肿和囊性肿瘤，如果囊肿较小不引起症状时，可定期观察和复诊，也无需吃药打针，但如果囊肿引起机体病理性改变，则需手术治疗，如囊肿破裂、出血、继发感染等危及生命时，行急症外引流手术（切开引流或囊袋缝合术），注意补充水、电解质及全身治疗。待瘘管形成后行再次手术。
假性囊肿形成后2个月，根据病变程度、范围选定手术，居于胰尾部可行胰尾脾脏切除术，位于胰头、体部行囊肿胃吻合术、囊肿十二指肠吻合术、囊肿空肠Roux-Y吻合术。吻合口应足够大，防止逆流感染。
内瘘存在时，术前应清洁肠道，口服新霉素，同时肌注维生素K，真性囊肿一般与周围组织黏着不紧，较易剥离，也可连同囊肿切除部分胰腺。