一般来说，1厘米以上的胆结石目前都以手术治疗为主。但是由于肝内胆管的分支较多，直径较细，因此即使是3到5毫米的结石，也有很大的几率造成梗阻。
所以肝内胆管结石的大小，要作为治疗的一个参考，具体治疗方案的选择，还需要结合结石的数量、位置以及并发症的程度等。
如果肝内胆管结石的位置靠下，而且数量较少，首选胆总管切开取石。如果胆结石的位置较深或者数量较多，就可能需要连同结石周围的肝脏组织一并切除，如果肝功能的损害较重，也有可能进行肝移植。