胆囊结石大部分的患者没有临床症状，多是健康查体中偶然发现，一般不会出现明显的感觉。部分的患者可以引起胆绞痛，严重的可以导致胆囊化脓、穿孔、坏疽、急性腹膜炎，需要急症手术处理。
此外，胆囊结石还可以引起黄疸。小的结石可以通过胆囊管，进入并停留于胆总管，成为胆总管结石。通过Oddi括约肌还可以引起损伤或者嵌顿于壶腹部，导致胰腺炎。
此外，结石压迫引起胆囊炎慢性穿孔，还可以造成胆囊、十二指肠瘘或者胆囊结石瘘。大的结石还可以通过瘘管进入肠道，引起肠梗阻。结石和炎症的长期刺激，还可以诱发胆囊癌。