缺铁性贫血的病因包括以下三个方面。
第一需铁量增加，而铁摄入不足。多见于婴幼儿青少年妊娠和哺乳期妇女，婴幼儿需铁量较大，若不补充蛋类、肉类等含铁量较高的辅食，易造成缺铁。青少年偏食易缺铁，女性月经量过多，妊娠或哺乳需铁量增加，若不补充高铁食物易造成缺铁性贫血。
第二铁吸收障碍。常见于胃大部切除术后，胃酸分泌不足且食物快速进入空肠，绕过铁的主要吸收部位十二指肠，使铁吸收减少。此外多种原因造成的胃肠道功能紊乱，如长期不明原因的腹泻、慢性肠炎、克罗恩病等均可因铁吸收障碍而发生缺铁性贫血。
第三铁丢失过多。长期慢性铁丢失而得不到纠正则造成缺铁性贫血。如慢性胃肠道失血，包括痔疮胃十二指肠溃疡、食管裂孔疝、消化道息肉、胃肠道肿瘤、寄生虫感染、食管或胃底静脉曲张破裂等。月经量过多，比如宫内放置节育环，子宫肌瘤及月经失调等妇科疾病。咯血和肺泡出血，比如肺含铁血黄素沉着症、肺出血肾炎综合征、肺结核支气管扩张、肺癌等。血红蛋白尿比如阵发性睡眠性血红蛋白尿、让抗体型自身免疫性溶血、人工心脏瓣膜、行军性血红蛋白尿等。以及其他比如，遗传性出血性毛细血管扩张症，慢性肾衰竭型血液透析多次献血等。