如果肝内胆管结石的临床症状不明显，结石的体积较小，可以通过规律的低胆固醇饮食等方法保守治疗，经济有效。
胆系结石85%以上是胆固醇性的结石，因此当患有胆肝内胆管结石时，若结石的体积较小、没有梗阻及感染等并发症时，临床症状轻微时，可以通过规律的低胆固醇饮食，使胆囊内的胆固醇浓度下降，切断结石形成的诱因。同时可以配合口服硫酸镁等促排石的药物，进行排石治疗，经济有效。
若肝内胆管结石体积较大，无法用药物排出体外，或者临床症状明显，就只能通过手术治疗。