同房时阴茎摩擦疼痛，多考虑可能是性生活方面没有经验，性知识了解太少，导致性技巧不够所引起。也可能是由于近期内性生活过于频繁，由于阴茎海绵体频繁反复充血，再加上反复与女性的阴道相互摩擦，就会引起阴茎摩擦疼痛。
还可能是由于阴茎本身存在解剖结构异常所引起，比如包皮系带过短、包茎等，都可导致阴茎摩擦时对包皮系带造成过度牵拉而引起疼痛。
另外，还可能是由于局部炎症性疾病所引起，常见于龟头炎、包皮炎等。由于炎性物质不断刺激，造成阴茎局部皮肤水肿或糜烂，在阴茎摩擦时自然会引起疼痛感。