非典型三叉神经疼，大部分可以治愈，但也有少部分患者的预后较差。
继发性的三叉神经疼，如果原发病可以根治，就可以治愈。比如肿瘤导致的，可以手术切除肿瘤，患者有可能被治愈。脑干梗死或者多发性硬化导致的，因为脑梗死的后遗症或者多发性硬化的原发病难以完全根治，所以有可能无法治愈。
原发性的三叉神经疼，通过卡马西平等药物治疗、神经阻滞疗法或者是微血管减压术等手术治疗，大部分是可以治愈的。但也有部分患者经过上述的治疗之后，疼痛仍然无法彻底缓解，或者是仍然有可能会复发。