艾灸命门最好在上午的时间段比较好，因为上午阳气最为旺盛，此时进行艾灸效果更好，有利于补肾气。但是，一般艾灸命门穴，不区分时间段，在一天的任何时间都可以，没有特殊限定，可以根据自己的实际情况进行艾灸。
艾灸命门穴具有补肾壮阳的好处，当身体出现阳气不足、肾虚，感觉四肢乏力、手脚冰凉，可以艾灸此穴位，具有一定调理作用。
对于腰肌劳损、腰酸腰痛、头晕耳鸣等症状，也具有较好调理作用。艾灸时注意实际情况，避免造成火灾以及避免皮肤烫伤。