一天中，针灸的最佳时间是由疾病本身来决定的。不同的疾病，针灸的最佳时间是不相同的。
就针法来言，取决于经络当令的时间。例如上午的7点到9点，是胃经当令的时间；9点到11点，是脾经当令的时间。所以要想治疗脾胃的疾病，如果选用针刺疗法来的话，最好选用这个时间。
同理，下午的三点到5点是膀胱经当令的时间；5点到7点是肾经当令的时间。要想治疗肾膀胱的疾病，最好选用在这个时间段内进行针灸。
艾灸的话，一般上午艾灸的效果要比下午艾灸的效果要好一些，针对于一些寒性疾病，尤其如此。