尽管未经治疗的鼠疫患者的死亡率超过50％，但由于抗菌药物的应用，已大大降低了鼠疫的死亡率。
鼠疫治疗的关键是早期使用抗生素和联合治疗以取得较好的治疗效果。例如腺鼠疫，通常使用链霉素和磺胺药物进行治疗，同时与磺胺嘧啶和磺胺甲恶唑结合使用可获得更好的效果。
肺鼠疫和化脓性鼠疫通常用链霉素和丁胺卡那霉素联合四环素治疗。需要特别注意的是，不要使用青霉素和第一代头孢菌素，因为它们与高死亡率有关，如果用药建议在专业医师指导下进行。