肝内胆管结石，如果造成了腹部疼痛，就需要针对症状进行对症处理。比如需要注射止疼药物，如6542和间苯三酚、酮洛酸等。如果结石合并感染就需要应用有效的抗生素进行治疗。
临床上对于合并症状的胆管结石，通常建议以手术治疗为主。手术方案的选择需要结合患者的实际病情，比如辅助检查显示的结石大小、数量、位置等，以及肝功等脏器的损伤程度。
常规的肝内胆管结石，以腹腔镜下胆管切开取石为首选。但如果结石数量较多或位置较深，切开取石极为困难，就需要连同周围的肝脏组织一并切除。如果肝功损害严重，有可能进行肝移植。