胆囊萎缩引起的危害包括诱发急性胆管炎和胆囊癌。胆囊萎缩是相对较严重的疾病，胆囊萎缩多半由反复发作的慢性胆囊炎引起，而引起慢性胆囊炎的原因最常见的是胆结石。
胆囊萎缩的患者往往胆囊壁组织失去了弹性，浓缩储藏胆汁的功能减退，胆囊萎缩较严重的患者胆囊内没有胆汁都是结石。本病患者会出现腹胀、腹痛、饮食不佳的症状，较严重的患者还有可能导致化脓性的胆管炎，甚至出现黄疸。
除此之外，胆囊萎缩还被认为是胆囊癌的癌前病变。因此，已经发生萎缩的胆囊应该及时手术切除，避免出现并发症。