进行结肠镜检查时发现扁平息肉，最好是在检查时一并将其切除，这样才能好得更快。
因为大部分的扁平息肉是不能自行消失的，除了炎症性息肉，炎症性息肉在肠道炎症减轻后可自行消失，所以不用对其处理。其余的扁平息肉只有将其切除才能好的更快。
在切除扁平息肉时，最好还要取部分的息肉组织送检病理检查，如发现有恶变的情况，还要进行扩大切除，以防发生遗漏，导致肿瘤形成等严重后果。