结肠扁平息肉大多需要行手术切除。在肠镜检查的过程中发现有扁平息肉，可以先取局部活组织行病理切片检查，明确组织学类型后，再择期行手术切除。
对于范围比较小的结肠扁平息肉，可以采取结肠黏膜切除术。手术时需要在息肉的黏膜下注射药物，将息肉抬起后再行结肠黏膜切除。切除后需用钛夹夹闭创面，防止术后出血。
而对于范围比较广的结肠扁平息肉，则需要采取结肠黏膜剥离术，将息肉以及局部的结肠黏膜一并剥离。术后患者需要控制饮食，早期应禁食或者以流质饮食为主，逐渐恢复正常的饮食。