胃肠道间质瘤一般不需要化疗，如果是中高危复发风险的患者，建议使用药物辅助治疗。如果该疾病存在转移复发，并且不可以完全切除时，应该也需要化疗。
临床当中比较常用的化疗药物是伊马替尼、舒马替尼。在使用这些药物化疗的过程当中，应该要注意观察药物的不良反应，有可能会导致患者出现水肿以及胃肠道不适，也可能会出现白细胞减少以及贫血的临床表现。上述不良反应经过对症治疗，可以获得缓解。
该疾病也可以使用中医的治疗方法缓解，可以选择具有清热利湿的中药汤剂。