胃肠道间质瘤只要经过规范积极的治疗，是有可能痊愈的，治疗后愈后的效果与胃肠道间质瘤的大小分期有直接的关系。
胃肠道间质瘤主要的一个特点就是术后容易引起转移、复发。
如果是属于低危的胃肠道间质瘤，这属于是良性的，手术切除后就可以达到治愈的效果。
但是如果瘤体较大，发现得较晚，已经演变成恶性的间质瘤。此种情况虽然做了根治性的手术，但是容易引起转移到其他脏器，必须要采取辅助化疗的方式延长患者的生命。因此，胃肠道间质瘤也是有可能治愈的。