胃肠道间质瘤不一定是恶性。一般情况下胃肠道间质瘤有良恶性之分，但是主要的性质需要进行手术后摘除肿瘤，送病理化验才可以确定。
胃肠道间质瘤属于肿瘤的一种，而且胃肠道间质瘤的大小、部位以及肿瘤的分化等级等存在差异性，治疗方法也不一样，因此单纯的根据胃肠道间质瘤来判断肿瘤的良恶性存在误差。
一旦确定患有胃肠道间质瘤后，需要根据肿瘤的性质决定治疗方法，一般多需要进行手术治疗。如果是恶性的还需要进行放疗、化疗等。