胃肠道间质瘤有良性和恶性之分。胃肠道间质瘤主要是从良性然后逐渐演变成恶性，区分良性还是恶性，主要看肿瘤的大小和分裂线、生长的部位进行区分，可分为低度恶性、中度恶性、高度恶性和极高度恶性。
临床治疗主要是进行手术切除，手术切除也是胃肠道间质瘤的唯一可以治愈的方法。
低危的胃肠道间质瘤属于良性，复发几率低。如果是中高危以上的胃肠道间质瘤，切除后也有可能复发，甚至有可能恶变。因此，胃肠道间质瘤有良性和恶性之分的。