胃肠道间质瘤5mm有时候需要手术，如果对于年纪老者、体质较弱者发现胃肠道5mm的间质瘤，可以不予手术治疗。对于一般状况良好的患者，往往需要手术治疗，避免出现恶性肿瘤可能。
胃肠道间质瘤在5mm时可能不引起临床症状，仅仅是在行腹部CT和胃镜检查时偶然发现。发现后需要及时行血常规、肿瘤标记物、腹部增强CT、肝肾功能等检查来初步判断良性，必要时行手术治疗，术中将间质瘤切除并且送术中冰冻。
如果为恶性肿瘤，可能需要进一步扩大切除。