胆管结石的并发症分为急性、慢性并发症。所谓急性并发症就是结石把胆道堵塞以后，胆汁排泄不畅，其上方淤积的胆汁，细菌可以大量地繁殖，引起细菌的感染。
具体的表现可以出现腹痛、寒颤高烧、甚至出现黄疸，叫夏科三联征。如果更严重的情况，甚至可以引起感染性的休克，出现血压下降、意识障碍，叫雷诺尔德五联征，这是急性并发症，就是胆道系统的感染。
慢性并发症最常见的是肝脏会出现纤维化、慢性肝脓肿或者结石逐渐增多，向周围胆管进行蔓延，结石长期不治可造成癌变。