直肠炎的治疗主要包括药物治疗、护理治疗等。对于直肠炎患者，可采用大便常规、血常规等检测方法，确定具体致病菌类型，然后选择有针对性的抗生素进行全身抗感染治疗。
常用药物有盐酸左氧氟沙星、呋喃唑酮、头孢呋辛，可与止泻及外用药物合用，如肠炎宁冲剂、甲硝唑栓等。这些药物不仅能缓解本病引起的肛痛、腹泻、水便等不良反应症状，而且能彻底杀灭寄生在患处的致病菌。
在治疗过程中，应尽量保持饮食清淡，保证充分休息和规律作息、避免吃辛辣、生冷的食物，以免加重病情的发展。