肝内胆管结石是良性病变，它是各种原因引起的胆汁成分的改变，胆盐析出形成的结晶，绝大部分都是由于胆道系统的感染造成的。胆管的良性狭窄、某些代谢性疾病及进食过多的油腻，和高胆固醇饮食后，都可能诱发结石。
通常情况下，结石较小，胆管较通畅的患者，可以不引起脏器功能的损害，在消炎利胆等药物的治疗下，病情可以得到改善或痊愈。一些结石比较大，梗阻严重的患者，在解除梗阻之后，病情也可以痊愈。
只有当胆管结石时间较长，造成了肝脏的严重的不可逆的损害，或造成急性梗阻性胆管炎时，可能会危及生命。